Witraże  w nawie przedstawiają figury świętych i sceny z życia Jezusa. Ich fundatorami byli członkowie bractw parafialnych, siostry i duchowni, a także osoby prywatne – o czym informują zachowane inskrypcje. Na szczególną uwagę zasługuje witraż z przedstawieniem Najświętszego Serca Maryi i Jezusa, którego fundatorem był pierwszy proboszcz parafii, ksiądz Jan Zwierzchowski. Bardziej rozbudowane kompozycje znajdują się w ramionach transeptu, gdzie m.in. znajduje się przedstawienie związane z wezwaniem świątyni – Rzeź Niewiniątek. Witraże zostały zrealizowane w 1912 r. przez nieznany warsztat.