Kościół pw. św. Jozafata jest usytuowany w pobliżu pierwszego polskiego kościoła w Chicago pw. św. Stanisława Kostki, rozdziela je północna odnoga rzeki Chicago. Parafię pw. św. Jozafata założyła społeczność kaszubska, jako piątą polską parafię w Chicago i trzecią w północnej części miasta.

Początkowo Polacy należeli do niemieckiej parafii pw. św. Michała Archanioła. Jednak z czasem okazało się, że nie jest ona w stanie objąć swoją posługą duszpasterską wszystkich nowo przybyłych parafian (ich liczba ciągle rosła). Wówczas w 1882 roku niemieccy osadnicy  podjęli decyzję o utworzeniu nowej parafii pw. św. Alfonsa.

W tym samym roku ukonstytuował się także komitet przyszłej parafii polskiej. O pomoc w jej utworzeniu zwrócono się do ks. Wincentego Barzyńskiego – Zmartwychwstańca, proboszcza parafii pw. św. Stanisława Kostki. Zakupiono wówczas 12 działek usytuowanych przy ulicach Southport i Ward (obecnie Wayne), na których zbudowano z cegły trzypiętrowy budynek mieszczący kościół, szkołę i mieszkania dla sióstr. Kamień węgielny poświęcono 23 września 1883 r., a w roku następnym – 22 maja – budynek.

Ks. Barzyński oddelegował do nowo powstałej parafii ks. Feliksa Zwiardowskiego, który przez dwa miesiące dojeżdżał do wspólnoty. W maju 1884 r. powołano proboszcza, został nim ks. Franciszek Breitkopf – kapłan ze Zgromadzenia Zmartwychwstańców. W tym samym roku swoją działalność rozpoczęła również szkoła, którą prowadziły siostry ze Zgromadzenia Sióstr Miłosierdzia Słowa Wcielonego z San Antonio w Texasie. Z powodu niewystarczającej liczby kapłanów w Zgromadzeniu Zmartwychwstańców, w 1885 roku parafię objęli księża diecezjalni. W tym też roku szkołą zajęły się polskie siostry ze Zgromadzenia Sióstr Najświętszej Rodziny z Nazaretu, była to ich pierwsza placówka w Stanach Zjednoczonych. Oprócz szkoły siostry prowadziły także sierociniec, który funkcjonował w latach 1885 – 1889.

W roku 1885, przy ul. Southport, zbudowano z cegły dwupiętrową plebanię, do tego czasu księżom wynajmowano mieszkania. W związku z tym, że liczba parafian stale się powiększała (w roku powołania parafii było 585 rodzin, po pięciu latach już 800), podjęto decyzję o budowie nowego kościoła, obecny nie był w stanie pomieścić wszystkich wiernych.

W sierpniu 1889 r. prace budowlane przerwał cyklon, który spowodował poważne zniszczenia w stalowej konstrukcji. Nowy kościół pw. św. Jozafata oddano do użytku dopiero w 1902 roku (parafia liczyła wówczas już 10 tys. wiernych i nadal się rozrastała). W kolejnych latach część ludności przeniosła się do nowych dystryktów leżących w północno-zachodniej części miasta przy Irving Park – zwanych „Polish Village”, mimo to w kościele nadal było ciasno.

Z takim samym problemem borykała się również szkoła – w 1913 r. uczęszczało do niej ok. tysiąca uczniów. Ta sytuacja przyczyniła się do podjęcia decyzji o zakupie kolejnych pięciu parceli pod budowę nowego budynku. W tym czasie zakupiono również dwa domy dla sióstr (przy ul. Wayne) i zaadaptowano je na potrzeby zakonnej wspólnoty.

W 1917 roku zbudowano nową (obecną) plebanię, zaś poprzednią przesunięto w głąb posesji, w stronę pierwszego budynku łączącego szkołę i konwent.

W tym samym roku wielu młodzieńców z parafii pw. św. Jozafata zgłosiło się do Błękitnej Armii Generała Józefa Hallera, podobnie i później, w czasie II wojny światowej, dużą część parafian zmobilizowano do wojska.

W roku 1925 liczba uczniów wzrosła do 1 112, w szkole pracowało w tym czasie 15 sióstr Nazaretanek. Parafia rozwijała się bardzo dynamicznie. W 1932 roku otworzono szkołę średnią (prowadzoną również przez siostry), która funkcjonowała do końca lat sześćdziesiątych, w 1960 r. w szkole uczyło się już tylko 350 uczniów. Mimo to w 1963 roku wybudowano nowe pomieszczenia szkolne, wraz z mieszkaniami dla sióstr. Trzy lata później zburzono pierwszy budynek parafialny (z 1884 r.), w którym mieściła się stara szkoła, mieszkania dla sióstr i kościół. Prawdopodobnie wtedy zburzono także starą plebanię.

W latach siedemdziesiątych rozpoczęła się dynamiczna zmiana w strukturze społeczności parafialnej – zmniejszyła się znacznie liczba polskich rodzin, a ich miejsce zajęła ludność hiszpańskojęzyczna – w 1980 roku na 450 rodzin należących do parafii 50% stanowili Polacy, 30% Meksykanie, zaś 20% obywatele innych narodowości. W niedzielę odprawiano dwie Msze Święte w języku angielskim, jedną po polsku i jedną po hiszpańsku.

W 1986 roku w szkole pozostało już tylko 112 uczniów, opuściły ją także siostry Nazaretanki. Po kilku latach szkoła zaczęła się odradzać i jest czynna do tej pory.

Obecnie do parafii należy ponad 1000 rodzin, msze są odprawiane tylko w języku angielskim. Prowadzona jest nadal działalność charytatywna, zapoczątkowana w latach 80-tych współpracą z organizacją Christopher House.